Elaborado pelos pesquisadores do IVIG para o Programa de Gerenciamento de Resíduos Sólidos e Efluentes, os Manuais de Boas Práticas Portuárias reúnem as recomendações e sugestões de adequação para garantir condições ambientais seguras e em conformidade com a legislação. O Programa, proposto e coordenado pelo Departamento de Revitalização e Modernização Portuária da Secretaria de Portos (SEP), inclui as áreas de resíduos, efluentes líquidos e fauna sinantrópica nociva (ratos, pombos, insetos e outros animais). Ao todo foram produzidos 21 manuais.